学院现有全日制硕士学位授予点2个：环境科学与工程、资源与环境（专业学位）。环境科学与工程硕士点围绕国家“生态文明”建设和解决重大民生需求，开展环境领域的基础性和应用性相结合的研究，培养在专业领域具有坚实的理论基础和丰富的实践经验、具有良好的职业素养、能够综合解决环境、资源、能源问题的高层次专业人才。
资源与环境硕士点在基础理论和专业学习的基础上，注重案例教学和职业素质与项目管理能力的培养，围绕经济、社会发展过程中出现的实际环境问题，依托国家重点工程、国家重大科技项目，研究和开发水、气、固、土壤/地下水、环境监测、清洁能源等相关的新技术、新工艺，培养能够在实际应用中发现并解决问题的高级工程技术人才。